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신주 인수에는 세액공제가 안 된다고요? SK가 267억 걸고 다투는 이유가 있어요 🏗️

SK, 기업 인수 과정에서 신주 취득 267억 세액공제 놓고 과세당국과 공방 1368억 원 법인세 소송은 상고 제기 LX·GS칼텍스 과세당국과 수십억 공방 사건 복잡화로 법리 해석 다툼 치열

AI LENS 편집팀 · 입력 2026.10.19 10:23

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신주 인수에는 세액공제가 안 된다고요? SK가 267억 걸고 다투는 이유가 있어요

사진 · 서울경제

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핵심 요약

바쁘시면 여기까지만 읽어도 돼요

  1. 1서울경제에 따르면 SK는 시그넷EV 인수와 SK해운 합병 관련 세금 소송을 과세당국과 벌이고 있습니다.
  2. 2LX인터내셔널과 GS칼텍스도 각각 수십억 원대 세금을 두고 법정에 서 있습니다.
  3. 32026 사법연감에 따르면 지난해 조세사건은 항소심 13.7%, 상고심 14.4%로 심급이 올라갈수록 비중이 커졌습니다.
  4. 4대형 로펌들은 조세 전문인력을 확충하며 대응 체계를 강화하고 있습니다.

어떻게 볼까요?

취향대로 골라보세요 — 같은 기사를 네 가지 방식으로 만나요

신주 인수에는 세액공제가 안 된다고요? SK가 267억 걸고 다투는 이유가 있어요 🏗️

요즘 대기업 이름 뒤에 '법인세 소송'이 따라붙는 기사, 한 번쯜 보셨을 거예요. SK와 LX인터내셔널, GS칼텍스까지 적게는 수억 원 많게는 천억 원대 세금을 두고 과세당국과 다투고 있어요. 거래구조가 복잡해지고 과세당국이 실질을 더 꼼꼼히 들여다보면서 벌어지는 일인데요. 어떤 기업이 왜 소송까지 갔는지 짚어봤어요.

01/ 04📉 숫자 확인어떤 기업들이 얼마를 걸고 싸우고 있나?

SK는 두 건의 소송을 동시에 진행 중이에요. 하나는 2021년 시그넷EV(현 SK시스넷) 인수 때 유상증자로 받은 신주가 세액공제 대상인지를 두고 약 267억 원 환급을 요구한 사건이고, 다른 하나는 2018년 SK해운 흡수합병 과정의 투자손실 5386억 원을 손금으로 인정해달라며 약 1368억 원 경정을 요구한 사건이에요. LX인터내셔널은 해외 자원개발 채무면제이익을 둘러싸고 약 58억 원 환급 소송을, GS칼텍스는 원유 수입 할당관세 가산세 약 9억 원 면제를 두고 소송을 벌이고 있어요.

02/ 04🔍 실체 파악법원은 누구 편을 들었나?

현재까지 결과는 기업 쪽에 썩 유리하지 않아요. SK의 신주 세액공제 소송은 1심에서 패소했는데, 기존 주주의 투자금 회수·재투자를 촉진하려는 제도 취지상 신주 인수에는 적용할 수 없다는 판단이었어요. SK해운 합병 손실 사건도 1·2심 모두 과세당국이 이겼는데, 100% 자회사 흡수합병으로 주식이 소멸한 건 자기주식 소각과 실질이 다르지 않다는 논리였어요. LX인터내셔널과 GS칼텍스 역시 1심에서 패소했고, GS칼텍스는 항소장을 내고 상급심 판단을 받기로 했어요.

03/ 04🧩 빠진 조각왜 갑자기 소송이 늘었나?

인수합병과 해외 거래, 무형자산 가치 평가처럼 거래구조 자체가 복잡해진 게 첫 번째 배경이에요. 여기에 과세당국이 거래의 형식보다 실질을 중시하는 실질과세원칙을 적극 적용하면서 기업과 충돌이 잦아졌다는 분석이 나와요. 김성환 법무법인 광장 변호사는 "실질과세원칙에 따라 거래를 세법적으로 재구성해 공격적으로 과세가 이뤄지고, 이에 대응해 기업이 불복하는 상황이 자주 발생한다"고 설명했어요. 비정기 세무조사와 빅데이터·AI를 활용한 과세당국의 정밀한 근거 수집도 분쟁을 키우는 요인으로 꼽혀요.

04/ 04⏱️ 타임라인소송이 점점 더 늘어나는 구조라고?

2026 사법연감에 따르면 지난해 전체 행정소송 중 조세사건 비중은 1심 8.5%, 항소심 13.7%, 상고심 14.4%로 심급이 올라갈수록 커졌어요. 전영준 법무법인 율촌 조세그룹 대표변호사는 "기업이 특정 연도의 과세를 수긍할 경우 과세당국은 동일한 논리로 후속 거래나 다른 계열사 거래에도 대규모 과세를 감행한다"고 지적했어요. 재무 실적과 유동성에 바로 영향이 가다 보니 기업은 소송을 피하기 어려운 구조라는 설명이에요. 이런 흐름에 맞춰 대형 로펌들도 조세 전문인력을 늘리고 분야별 협업 체계를 정비하고 있어요. 🔎 더 보기: 로펌들은 어떻게 대응하고 있나 김앤장은 250명 규모 조세 전문인력으로 공정거래·형사 등 유관 분야와 사건별 대응팀을 꾸리고 있어요. 광장은 세무조사 초기부터 변호사·회계사·세무사가 함께 움직이고, 율촌은 비정기 세무조사 전담 조직에 국세청 조사국 출신 인력을 배치하고 있어요. 한 로펌 조세 그룹 관계자는 "개별 법률 분야의 전문성만으로는 대응에 한계가 있다"며 "세무조사부터 소송까지 전문가들의 유기적인 협업이 중요해지고 있다"고 말했어요.

💡 한 가지만 기억한다면

거래구조가 복잡해질수록 과세당국은 형식보다 실질을 더 깐깐하게 따져요. 그만큼 기업도 선례를 만들지 않으려 소송을 택하는 경우가 늘고 있어요.

✍️ 에디터 노트

한 해 과세를 그냥 받아들이면 다음 해, 다른 계열사까지 같은 논리로 과세될 수 있다는 게 기업들이 소송을 거는 진짜 이유예요. 그렇다면 과세당국의 실질과세 적용이 어디까지 '정밀'하고 어디부터 '과도'한지, 그 경계는 결국 법원이 그어주고 있는 셈이에요.

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AI LENS 편집팀

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SK, 종로세무서 상대 법인세 소송 항소심 2차 변론 진행
2021년 시그넷EV 인수 신주, 세액공제 대상 여부가 쟁점
SK, 해운 합병 투자손실 5386억 근거로 1368억 경정 요구
1·2심 재판부 모두 SK해운 합병 손금 인정 안 해
LX인터내셔널 58억, GS칼텍스 9억 소송도 패소
변호사 "실질과세원칙 따른 공격적 과세 늘어" 평가
조세사건, 전체 행정소송 중 상고심 14.4% 비중 차지
김앤장·광장·율촌, 조세 전문인력 확충해 대응체계 정비

웹툰 대사 전문

  1. SK, 종로세무서 상대 법인세 소송 항소심 2차 변론 진행
  2. 2021년 시그넷EV 인수 신주, 세액공제 대상 여부가 쟁점
  3. SK, 해운 합병 투자손실 5386억 근거로 1368억 경정 요구
  4. 1·2심 재판부 모두 SK해운 합병 손금 인정 안 해
  5. LX인터내셔널 58억, GS칼텍스 9억 소송도 패소
  6. 변호사 "실질과세원칙 따른 공격적 과세 늘어" 평가
  7. 조세사건, 전체 행정소송 중 상고심 14.4% 비중 차지
  8. 김앤장·광장·율촌, 조세 전문인력 확충해 대응체계 정비

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귀로 듣는 브리핑

신주 인수에는 세액공제가 안 된다고요? SK가 267억 걸고 다투는 이유가 있어요 🏗️

서울경제 원문 기사(새 창으로 열립니다)
  1. 세금을 둘러싸고 기업과 국가가 법정에서 싸웁니다. 적게는 수억 원, 많게는 천억 원대 돈이 걸려 있습니다. 왜 이렇게 다툴 일이 많아진 걸까요.

  2. 같은 뉴스, 네 가지 시선. AILENS입니다. 2026년 10월 19일 기준으로 전해드립니다.

  3. 서울고법 법정. 재판장은 방금 변론을 마쳤습니다. 피고는 세무서, 원고는 국내 대기업입니다. 다투는 건 주식 몇 장을 세액공제 대상으로 볼 수 있느냐는 문제입니다.

  4. SK가 2021년에 전기차 충전기 업체를 인수했습니다. 그 과정에서 유상증자로 새 주식을 받았는데, 이걸 기술혁신형 주식취득으로 보고 세액공제를 받을 수 있다고 주장했습니다. 환급 요구액이 267억 원이었습니다.

  5. 1심 판단은 달랐습니다. 이 제도는 기존 주주가 투자금을 회수하고 다시 투자하도록 돕는 취지인데, 새로 발행된 주식을 받은 경우까지 포함시킬 수는 없다는 겁니다. SK 입장에서는 세금을 아낄 수 있는 길이라 생각했지만, 법원은 제도의 취지에 맞지 않는다고 봤습니다.

  6. 이게 SK 혼자의 일은 아닙니다. SK는 다른 소송도 걸려 있습니다. 2018년 자회사였던 해운사를 흡수합병하면서 생긴 투자손실, 5천억 원대였는데 이걸 비용으로 인정해 달라고 했습니다. 법인세 경정 요구액이 1,368억 원이었습니다. 이번에도 1심과 2심 모두 과세당국 편을 들었습니다. 100% 자회사를 흡수합병하면서 주식이 없어진 건, 실질적으로 회사가 자기 주식을 소각한 것과 다르지 않다는 논리였습니다.

  7. LX인터내셔널도 비슷한 싸움을 하고 있습니다. 해외 자원개발 사업에서 생긴 채무면제이익을 국외에서 번 소득으로 봐 달라고 했는데, 법원은 이 이익이 사업 실패 때문이 아니라 국내 정부의 융자금 감면 결정 때문에 생긴 거라며 과세당국 손을 들어줬습니다. 청구금액은 58억 원이었습니다.

  8. GS칼텍스는 원유를 수입하면서 붙은 가산세 9억 원을 면제해 달라고 했다가 역시 1심에서 졌습니다. 다만 이 회사는 항소장을 냈습니다. 아직 끝난 싸움이 아니라는 뜻입니다.

  9. 여기서 눈에 들어오는 지점이 하나 있습니다. 네 사건 모두 결과가 비슷합니다. 기업들이 유리하게 해석하려던 지점을, 법원은 대부분 과세당국 쪽 논리로 정리했습니다. 기업이 소송을 걸었다고 해서 이기는 싸움이 아니라는 걸 보여주는 셈입니다.

  10. 그런데 기업들은 왜 이렇게 소송을 거는 걸까요. 법무법인 율촌의 전영준 변호사는 이 구조를 짚었습니다. 한 번 특정 연도의 과세를 받아들이면, 과세당국이 같은 논리로 다른 해 거래나 계열사 거래까지 넓혀서 과세할 수 있다는 겁니다. 그러니 한 건이라도 지면 그 다음이 줄줄이 따라올 수 있다는 부담이 있습니다. 재무 실적과 현금흐름에 직접 영향을 주는 문제라, 기업으로서는 소송을 포기하기 어려운 구조입니다.

  11. 법무법인 광장의 김성환 변호사는 다른 각도에서 설명합니다. 과세당국이 거래의 형식보다 실질을 따져서, 예전보다 공격적으로 과세하는 경향이 커졌다는 겁니다. 이른바 실질과세원칙입니다. 거래구조가 복잡해지고 인수합병, 해외거래, 무형자산 평가까지 쟁점이 늘어나면서, 어느 쪽 해석이 맞는지 다투는 경우가 많아졌다는 설명입니다.

  12. 이 흐름이 숫자로도 보입니다. 2026 사법연감에 따르면 지난해 행정소송 가운데 조세사건 비중이 1심에서는 8.5퍼센트였는데, 항소심으로 가면 13.7퍼센트, 상고심에서는 14.4퍼센트까지 올라갑니다. 1심에서 끝나지 않고 위로 올라갈수록 조세 사건의 비중이 커진다는 뜻입니다. 법리를 다투는 성격이 강해서, 재판부마다 판단이 엇갈리는 경우가 있다는 게 그 배경으로 꼽힙니다.

  13. 이런 흐름 속에서 대형 로펌들의 움직임도 바뀌고 있습니다. 김앤장은 250명 규모의 조세 전문인력을 두고, 사건마다 공정거래나 형사 분야 전문가와 팀을 꾸립니다. 광장은 세무조사 초기 단계부터 변호사와 회계사, 세무사가 함께 들어가는 방식으로 대응하고 있습니다. 율촌은 국세청 조사국 출신 인력을 배치해 비정기 세무조사에 빠르게 대응하는 전담 조직을 운영합니다. 조세 쟁점 하나를 법률 전문성만으로 풀기 어려워졌다는 공통된 판단이 깔려 있습니다.

  14. 다만 아직 남은 물음이 있습니다. 실질과세원칙이 기업의 공격적인 세금설계를 막는 안전장치인지, 아니면 과세당국의 해석 범위를 지나치게 넓히는 수단인지는 사건마다 다르게 보일 수 있습니다. GS칼텍스의 항소심 결과가 어느 쪽으로 나올지도 아직 정해지지 않았습니다.

  15. 정리하면, 오늘 핵심은 이겁니다. 거래구조가 복잡해질수록 세법 해석의 틈도 넓어지고, 그 틈을 두고 기업과 과세당국이 법정에서 부딫히는 일이 늘고 있다는 겁니다. 한 번의 판단이 다음 거래, 다른 계열사까지 영향을 줄 수 있어서, 이 싸움은 당분간 쉽게 줄어들지 않을 것으로 보입니다.

  16. 같은 뉴스, 네 가지 시선. AILENS였습니다.

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